汽车跑了一千公里才发现4s店维修师傅没把空气滤芯的盖子装到位，对发动机损害大吗？

这个也要看当地的空气质量和行驶的环境，安装不到位当然会对发动机有一定的影响，汽车空滤是过滤空气的主要屏障，空气中的悬浮颗粒物要通过空气过滤器过滤，如果直接将空气吸入发动机的气缸那是危险的，长时期未经过滤吸入空气中的微小杂质会极大地影响着发动机的使用寿命。

题主也不要过于担心，毕竟车子也就行驶了一千公里，出了问题总归还是要解决的，可以跟修理厂协商解决一下，做一个发动机清洗从新更换一下机油。